Токийская община жила братски, как в первые века христианства. Денег в Миссии постоянно не хватало, хотя архимандрит Николай и отдавал ей большую часть своего жалования: деньги, помимо прочего, шли на содержание семей чиновников, уволенных за принятие православия, на жалование проповедникам, на помощь беднейшим христианам и т. д.

В крайне стесненных условиях люди делились друг с другом как и чем могли. Павел Савабе для общего дела продал свое самурайское облачение и даже саблю, что было немалой жертвой, если учесть, что для самурая его меч – предмет священный. Друг Павла, врач Иоанн Сакай, отдавал общине все, что зарабатывал медициной. Подобным образом поступали и другие.

Была еще одна весьма существенная трудность у первых христиан-японцев. Ни начальник Миссии, ни иеромонах Анатолий, как иностранцы, по-прежнему не имели доступа во внутренние области Японии, и потому большинство оглашенных были лишены святого таинства Крещения. А потому настоятельно требовалисьсвященнослужители из числа самих японцев.

В апреле 1875 года в Токио состоялся Собор, в котором приняло участие сорок человек из разных провинций Японии. Главным на Соборе стало избрание кандидатов в священники и диаконы. Кандидатом в священство был избран все тот же ревностный Павел Савабе. Так с самого начала был заложен соборный принцип, при котором, в частности, священники не назначаются архиереем, а избираются самими мирянами. В июле Камчатский владыка Павел прибыл в Хакодате и совершил хиротонию. Тогда же друг Павла Савабе, Иоанн Сакай, стал первым японским диаконом.

Поместные Соборы Церкви стали с тех пор созываться ежегодно, в день святых апостолов Петра и Павла, и все церковные дела стали решаться соборно. Участие в деятельности соборов позволяло христианам чувствовать себя включенными в общее дело, развивало ответственность и инициативу каждого – так Церковь становилась живым организмом, способным к саморазвитию.

Начальник Корейской духовной миссии архимандрит Хрисанф (Щетковский), посетив Японскую миссию в июле 1900 года, с интересом наблюдал, как прибывающие на Собор христиане, помимо всего прочего, старались встретиться с владыкой лично, обсудить с ним наболевшие проблемы и согреться душой в лучах его отеческой любви и заботы.

«Поделиться с кем-либо своими сердечными скорбями и открывать свои душевные боли является потребностью каждого миссионера. И вот тут-то съезды и незаменимы: слово искренней любви и полного сочувствия, благодушие и нравственное мужество перед самыми трудными жизненными обстоятельствами и огромный миссионерский опыт такого гиганта духа, как преосвященный Николай, сразу ободрит страдальца, рассеет мрачные тучи на душе его», – пишет архимандрит Хрисанф.

По книге Скоробогатько Н. В. Для японцев он стал японцем. Апостольский путь святителя Николая (Касаткина) / Н. В. Скоробогатько — «Московское Троицкое Подворье Свято-Троицкой Сергиевой Лавры Русской Православной Церкви», 2016