С приходом в 1868 году к власти императора Мэйдзи страна стремительно менялась, ею решительно был взят курс, ориентированный на Запад. Одновременно с этим заканчивалась подготовительная стадия служения иеромонаха Николая в Японии. В разных городах и селениях страны уже стали появляться первые православные общины, которые нуждались в постоянном духовном окормлении. Нужно было переходить на новый уровень.

В конце 1869 года отец Николай едет в Санкт-Петербург добиваться открытия в Японии Духовной миссии. Задуманному делу благоприятствовало то обстоятельство, что в мае того года на Московскую святительскую кафедру взошел митрополит Иннокентий, который возглавил теперь и Российское православное миссионерское общество. Выдающийся миссионер, владыка Иннокентий как никто понимал нужды и заботы своего молодого собрата и всячески поддерживал его.

В 1870 году Духовная миссия в Японии была учреждена. Тогда же иеромонах Николай был возведен в сан архимандрита и назначен ее начальником. Состав Миссии предусматривал наличие еще трех иеромонахов-миссионеров и одного причетника – всех их отцу Николаю еще предстояло найти.

С этой целью он посещает все четыре Духовные академии – Московскую, Петербургскую, Казанскую и Киевскую, где обращается к студентам, призывая их «на пир жизни и труда, на самое живое дело служения православию». Но – увы! Прошло всего десять лет с тех пор, как и он сам, и еще человек десять его товарищей изъявили желание ехать в Японию, а студенты духовных школ за это время стали уже другими: все они, увы, о миссионерстве «или не хотели и слышать, или вопрошали о выгодах и привилегиях службы». В результате отцу Николаю удалось найти только одного желающего, да и тот, как позже выяснилось, был подвержен новомодным влияниям нигилизма и скептицизма и оказался неспособным к миссионерской работе.

За время пребывания в России отец Николай дважды навестил старика отца: сразу по приезде и пред тем, как пуститься в обратный путь. На общение с отцом, о котором все эти годы святитель не переставал заботиться, регулярно высылая ему деньги, у него за недостатком времени ушло всего четыре дня. «Поздравствовался двумя днями и попрощался двумя», – сообщал он о свидании с отцом в письме к И.А. Гошкевичу. Увы, это была их последняя встреча.

По книге Скоробогатько Н. В. Для японцев он стал японцем. Апостольский путь святителя Николая (Касаткина) / Н. В. Скоробогатько — «Московское Троицкое Подворье Свято-Троицкой Сергиевой Лавры Русской Православной Церкви», 2016