По возвращении из России отец Николай с радостью обнаружил, что посеянные им семена христианства за полтора года его отсутствия дали обильные всходы. Его ученики-первенцы Павел, Иоанн и Иаков не просто сберегли «малое стадо», но и сумели приумножить его:
среди японцев появились десятки новых христиан.

«Когда я снова прибыл в Хакодате, – рассказывал святитель на склоне лет, – то нашел, что ревностный Савабе уже образовал у себя маленькую церковь: у него собралось из Сендая несколько молодых хорошо образованных сизоку (дворян). Всех я нашел уже довольно наученными в вере и в душе христианами».

Делу способствовало то, что среди первых японских православных было много самураев. Это было сословие аналогичное нашему служилому дворянству, прежде привилегированное, а нынче оказавшееся не у дел. В новых для себя обстоятельствах самураи столкнулись с необходимостью пересмотра прежней системы ценностей. Им очень хотелось что-то изменить в своей стране, и они были готовы жертвовать собой, жить ради идеи. Все они друг друга знали, были друзьями и могли смело доверять друг другу – кодекс верности и дружбы для самурая превыше всего. Православие стало быстро распространяться в данной среде.

Вскоре в Миссию прибыл долгожданный сотрудник – выпускник Киевской духовной академии иеромонах Анатолий (Тихай), до того четыре года проживший на Афоне. Он стал прекрасным помощником архимандриту и прослужил в Японии восемнадцать лет (11). Отец Николай говорил о нем: «Лучшего помощника я не желал бы». С его приездом святитель смог перевести Миссию в Токио, новую японскую столицу, оставив в Хакодате отца Анатолия.

(11) — В 1890 году отец Анатолий (1838–1893) тяжело заболел и уехал лечиться в Россию, где и скончался спустя три года.