Ко всем очевидным трудностям вхождения отца Николая в японскую жизнь с самого начала добавились не менее обременительные внутренние борения – искушения. «Один Господь знает, сколько мне пришлось пережить мучений в эти первые годы. Все три врага: мир, плоть и диавол – со всей силой восстали на меня и по пятам следовали за мной. <… > И это каждый день и час, и наяву, и во сне, и дома в келье, и на молитве в церкви», – писал святитель, вспоминая, как все начиналось.

«Искушения эти, – писал он, – были самые законные по виду». Вопросы, которые его одолевали, выглядели вполне резонно: зачем надо было ехать в Японию, где его никто не ждал? Зачем он не остался в России, где мог бы послужить, наверное, с большей пользой? Зачем принял монашество, о котором никогда раньше не помышлял и к чему не обнаруживал прежде никакой склонности? Разве нельзя в миру служить Богу и ближним?

Было и еще одно довольно сильное искушение: он обнаружил в себе талант исследователя, влечение к чистой науке. Искушение это подкреплялось тем, что в условиях невозможности открыто вести проповедь у него нередко возникало сомнение в осуществимости его миссионерских планов. Казалось, в этих обстоятельствах оставалось только заняться писанием статей и научных трудов по Японии, тем более востребованных, что Япония, эта terra incognita, начинала постепенно вызывать всеобщий интерес во всем мире. Позже отец Николай так вспоминал об этом: «Много лет меня также манила на свое поле наука. Японская история и вся японская литература – совершенно непочатые сокровища, – стоит лишь черпать целыми пригоршнями, все будет ново, интересно в Европе и труд не пропадет даром».

Научная деятельность талантливого выпускника столичной Духовной академии имела реально-зримый успех. Его статьи, опубликованные в ряде церковных и светских журналов, стали заметным явлением в отечественной страноведческой литературе тех лет. Тут он получил и быстрый зримый результат, и успех, и славу. Действительно, исследовательские заслуги отца Николая были высоко оценены научным сообществом. Выражением этого признания стало избрание его почетным членом ряда научных обществ.

Однако как бы основательны ни были подобные искушения, отец Николай (Касаткин), человек цельный и волевой, успешно одолевает их, хотя и признается, что «много нужно силы душевной, великое углубление религиозного чувства, чтобы побороть все это». К счастью, и силы душевные, и глубокие религиозные чувства были у него недюжинные. Он борется и побеждает, выходя из боя еще более духовно окрепшим. «Наука и без меня найдет себе многих сынов, мои силы всецело посвящены надеждам миссионерским», – ставит он точку, кладя предел своим метаниям.